Azərbaycan Nefroloqlar Cəmiyyəti əsas məqsədi nefrologiya sahəsinin inkişafına və nefroloqların peşə bacarıqlarının artırılmasına dəstək verməkdən ibarət olan qeyri-hökümət təşkilatıdır.
Azərbaycan Nefroloqlar Cəmiyyəti məqsədlərinə çatmaq üçün səhiyyənin inkişafı və əhalinin sağlamlığının qorunması sahəsində dövlət tərəfindən həyata keçirilən tədbirləri təbliğ etmək; böyrək xəstəlikləri və onu doğuran səbəblər haqqında əhalini maarifləndirmək; nefrologiya mövzusunda elmi araşdırmaların aparılmasını təşkil etmək, birlik üzvlərinin bilik və bacarıqlarını təkmilləşdirmək kimi vəzifələr həyata keçirir.
Bu vəzifələri həyata keçirmək üçün Azərbaycan Nefroloqlar Cəmiyyəti Azərbaycan Respublikasının aidiyyəti dövlət, bələdiyyə orqanları və beynəlxalq təşkilatlarla əməkdaşlıq edir; ölkədə və xarici dövlətlərdə fəaliyyət göstərən müxtəlif qeyri-hökümət təşkilatları, regional və beynəlxalq qurumlarla əlaqə qurur və onlarla birlikdə layihələr həyata keçirir; elmi araşdırmalar aparır, müxtəlif kurslar və seminarlar, dəyirmi masa və görüşlər, sərgilər təşkil edir; mətbu nəşrlər təsis edir.